遙遠的未來，人類已經擁有往其他星系殖民的技術。
其中一艘載有上萬名冬眠狀態的各種人才殖民宇宙船（希望號），原本航程預定只要十年就可以到翡翠鳥星系，因為意外偏離航道變成需要26年。
但是船上的糧食只有10年份量，於是船上的船員發生了爭執，甚至有船員把冬眠中的人當成冰箱里的食物來吃。
最後船上的船員全滅但是希望號還是花26年到達了翡翠鳥星系。
翡翠鳥星系是由源自地球的各大企業聯合組成的董事會來管理統治整個星系，居民都是企業員工，並定期跟地球保持聯繫。
董事會發現了 希望號，但是不敢解封被冰封的人員，因為冷凍冬眠狀態的安全時間是十年，一但超過十年才解封會很危險。
基本上希望號的冬眠人類，已經一隻腳踏在棺材上了。
另外一個原因是翡翠鳥星系也有糧食危機，種植培養的食物營養成分不能被來自地球的人類完全吸收，看起來吃飽其實營養不足，嚴重會產生容易生病、類似瘟疫的狀況。
所以董事會不會解封更多的人口搶糧，也怕解封會死人，於是把希望號擱置在宇宙中。
從希望號從地球出發已經70年了，有一名老頭科學家，在快被董事會抓到的時候，自己從希望號偷出主角逃離出來，並解封主角。
要求主角與自由業者艦長合作，沒想到主角一降落類地行星2，就壓死艦長。
宇宙船又故障需要換零件，零件只有兩個地方有。
一個是水岸鎮由大企業管理壓榨居民員工，鎮長是企業代表與營運者，另一個是植物培養實驗室，是由逃離水岸鎮壓榨的脫逃者員工組成的，領導者是前水岸鎮營運者副手，她研發了種植農作物技術，來供應脫逃者。
一個是打算改善管理方式的支持體制者，另一個是反體制追求自由的反體制者。
遊戲就很典型的教科書設計，支持體制者看起來壞壞，實際上人不錯，現實眼光來說是正確的。
反體制者看起來好棒棒，其實都是不切實際的經營，領導者私底下壞壞的。
真相是瘟疫出現後，為了效率水岸鎮只把藥物給值得拯救的居民，原本忠心的副手老太婆因為兒子不是值得被救，沒有藥物而病死，才一氣之下脫離水岸鎮，除了保護脫逃者，很大的動機是要毀滅水岸鎮體制出於私心。
植物培養實驗室的土壤都是酸性無法種植農作物，老太婆私底下是叫人偷偷偷走水岸鎮的新鮮屍體當肥料。
然後教科書般的有兩種結果外，又有幫忙送電力給水岸鎮又叫老婆婆當上水岸鎮管理者的完美路線。
不管結果如何，主角拿到零件飛往宇宙，會遇到其他支線與小型地圖賺錢練功，取得去董事會或君王星的方法，也發現其他企業開發降低食慾的牙膏，這時有兩條路線同時發展，董事會路線與老博士路線。
董事會暗殺目標、放信號定位老博士，兩條路線都會一樣走到君王星。
君王星也是一樣教科書般的設置，跟前面一樣。
一個是打算改善工作管理方式的支持體制者，另一個是反體制追求自由的反體制者。
支持體制者實際上人不錯，現實眼光來說是正確的。
反體制者看起來好棒棒，其實都是不切實際的經營，領導者私底下壞壞的。
原來君王星被其他企業放棄經營，只剩一家企業留著，原來那個企業有兩人用計謀打算利用法規，讓整個星球被他們的企業獨佔。
結果董事會更狠對外說君王星超級危險，整個星系封鎖了君王星，星光灣的領導人受不了打算用董事會的法律漏洞與把柄，重回董事會。
叛逆派領導人則是整天在搞文宣宣傳不管手下生活與生命。
主角可以選幫其中一方，或是兩全其美的方法。
原來叛逆派領導人，為了讓自己與星光灣領導人能夠取得領導地位，私底下跟強盜合作，讓強盜進入居住區殺光自己企業的高層，讓兩人取代。
當然現在的星光灣領導人不知道這件事情。
主角與叛逆派副手合作，取代叛逆派領導人，並與星光灣領導人和解合作。
就這樣接著老博士路線接偷取可以解凍人的化學物質，董事會會有屠殺任務，除非把電力給水岸鎮，不更換領導人才可以避免被董事會屠殺掉。
這時候董事會也對主角說明，董事會所隱瞞的秘密，原來董事會很早就知道糧食危機問題，也找很多方法來應付，其中一個就是終身僱用制，讓部分星系的居民跑到希望號冬眠減少資源的消耗，爭取時間研發科技解決糧食問題，沒效率的工廠城鎮屠殺掉。
另外地球已經三年以上沒有聯繫，有可能整個地球都遇到大滅絕，載有董事會一半軍力的船艦飛往地球途中也消失了。
所以情況很危急，兩條路線最終一樣要求主角進入希望號，把希望號開進兩者指定的地點。
這時候會發現希望號的真相，還有主角不是唯一被解封的人類，前面的數十位冰凍人員被老博士的解封實驗弄死，主角是唯一解封成功的人。
這時候就是遊戲最終分歧點，幫誰就走誰的路線結局。
不管選誰都要跑去監獄星球，進行最終任務，選老博士路線，董事會會綁架老博士，主角要從監獄打倒守衛與董事會實質領導人救人。
選董事會，雖然不合理，但老博士短時間與當地囚犯成功引起監獄暴動。主角要從監獄對抗囚犯與老博士，救出董事會領導人。
主角可以說服頭目或是打倒兼用卡魔王，救出目標，主角的個人結局會由最終選項來決定。
老博士結局就是最後成功解封希望號的人，花漫長時間研發了食品營養補充劑，解決糧食危機。
董事會則是成功發動終身僱用制（冰封勞工階級）丟棄希望號上面所有被冰凍的人類，其他地區荒涼化，拜占庭獨享資源，用一個技術團隊研發解決之道。
基本上董事會偏壞結局，連帶也影響其他地區與同伴變壞結局。
以上就是天外世界的主線劇情。
